Профсоюзная организация университета – старейшая и одна из самых многочисленных общественных организаций в республике. Профсоюзная организация СВФУ входит в состав Республиканской организации профсоюза работников народного образования и науки, которая, в свою очередь, является частью Общероссийского профсоюза образования.

1 сентября 1934 г. по распоряжению Наркомпроса РСФСР открылся Якутский государственный педагогический институт в г. Якутске, и это предоставило широкие возможности для подготовки из местного населения педагогических кадров с высокой квалификацией. Тогда был создан местный комитет профсоюза, основными задачами профсоюзной организации стали оказание всемерной помощи в ликвидации неграмотности населения, развитие народного образования, подготовка кадров для всех отраслей народного хозяйства республики.